Biopsi gastroskopi adalah sarana pemeriksaan yang memiliki nilai diagnostik untuk gangguan lambung. Selama gastroskopi, jika ditemukan kelainan pada permukaan mukosa lambung, sebagian jaringan dari area yang lesi diambil melalui gastroskop untuk pemeriksaan spesimen patologis. Tingkat keganasan dan keganasan penyakit, tingkat peradangan dan infeksi H. pylori dapat diklarifikasi. Hal ini juga dapat memberikan beberapa panduan mengenai pengobatan penyakit. Contohnya, jika biopsi gastroskopi menunjukkan ulkus peptikum, maka diperlukan pengobatan oral secara teratur sesuai dengan rangkaian pengobatan. Jika ada infeksi H. pylori yang terkait, obat anti-H. pylori oral akan diperlukan untuk pengobatan radikal. Jika biopsi gastroskopik mendiagnosis kanker lambung stadium awal, maka diperlukan pembedahan. Namun demikian, tidak semua orang cocok untuk biopsi gastroskopi. Jika pasien memiliki saluran pencernaan yang berlubang, gastroskopi tidak boleh dilakukan pada stadium akut. Pasien dengan saluran pencernaan berlubang sebaiknya tidak menjalani gastroskopi pada fase akut. Pasien dengan penyakit kardiovaskular yang tidak stabil juga sebaiknya tidak menjalani gastroskopi untuk mencegah komplikasi selama prosedur. Umumnya, obat agregasi anti-platelet harus dihentikan sebelum biopsi gastroskopi dilakukan.