Walaupun endoskopi kapsul tidak menimbulkan rasa sakit dan non-invasif, tidak memerlukan anestesi dan pada dasarnya menghilangkan rasa sakit yang terkait dengan gastroskopi konvensional, namun keterbatasannya masih terlalu besar untuk menggantikan gastroskopi dalam diagnosis dan pengobatan kanker lambung dan penyakit gastrointestinal lainnya.
Dibandingkan dengan gastroskopi, endoskopi kapsul seperti yang saat ini diterapkan masih memiliki beberapa kelemahan.
Kemampuan manuver yang buruk. Sulit bagi dokter bedah untuk memanipulasi pergerakan endoskop kapsul dengan nyaman untuk memvisualisasikan area tertentu.
Adanya lendir dalam jumlah besar atau perdarahan lokal dalam perut tidak dapat dikeluarkan oleh alat penghisap, sehingga menghasilkan tampilan pemeriksaan yang buruk.
Meskipun gambar yang jelas dapat diambil dari bagian dalam saluran pencernaan, namun lokasi yang tepat tidak dapat ditentukan dan waktu berjalannya saja sering kali kurang dapat diandalkan.
Ketidakmampuan untuk mengambil sampel jaringan untuk pemeriksaan patologis merupakan kelemahan kritis untuk diagnosis.
Biaya pemeriksaannya tinggi. Saat ini, endoskopi kapsul impor berharga $8.000 hingga $10.000, sementara endoskopi kapsul domestik harganya sedikit lebih murah untuk satu pemeriksaan, tetapi masih sekitar $5.000, jauh lebih mahal daripada beberapa ratus dolar untuk gastroskopi konvensional.