Pada kasus tipikal atresia bilier, bayi lahir cukup bulan dan kebanyakan tidak memiliki kelainan, warna feses normal dan penyakit kuning biasanya menjadi jelas secara bertahap 2-3 minggu setelah lahir, dalam beberapa kasus muncul dalam beberapa hari pertama setelah lahir ketika salah didiagnosis sebagai penyakit kuning fisiologis. Kotoran menjadi kuning kecoklatan, pucat kekuningan-krem dan kemudian menjadi warna putih keabu-abuan seperti tanah liat bebas empedu. Namun demikian, kadang-kadang, sedikit warna kekuningan dapat muncul pada stadium penyakit yang lebih lanjut. Warna urin yang lebih gelap menodai popok dengan warna kuning. Penyakit kuning biasanya tidak mereda dan semakin dalam, kulit menjadi kuning keemasan atau bahkan coklat dan mungkin gatal dan gatal. Dalam beberapa kasus, jari-jari alu atau sianosis dapat terjadi. Hati membesar dan limpa keras dan jarang dirasakan pada tahap awal; jika limpa yang membesar dirasakan dalam beberapa minggu pertama, ini mungkin merupakan penyebab hipertensi portal intrahepatik saat penyakit berkembang. Pada tahap awal penyakit ini, kondisi bayi secara umum baik, tetapi ada berbagai tingkat malnutrisi, dan ibu sering menggambarkan bayi tampak bersemangat dan gelisah ketika berat badan dan panjang badannya kurang. Kemudian dalam perjalanan penyakit, berbagai kekurangan vitamin yang larut dalam lemak dapat terjadi, dan kekurangan vitamin D dapat dikaitkan dengan untaian rakhitis dan epifisis yang luas. Karena status hemodinamik yang berubah, beberapa arteriovenous short-circuiting dan berkurangnya resistensi pembuluh darah perifer, murmur jantung bervolume tinggi dapat terdengar di daerah prekordial dan bidang paru-paru.