Imunohistokimia untuk kanker payudara umumnya melihat beberapa indikator seperti ER, PR, HER-2, dan Ki-67 untuk menilai prognosis pasien dan merumuskan langkah pengobatan selanjutnya.
ER adalah reseptor estrogen dan semakin tinggi tanda plus, semakin tinggi tingkat estrogen, semakin baik hasil terapi endokrin dan semakin rendah probabilitas kekambuhan dan metastasis; PR adalah reseptor progesteron dan semakin tinggi tanda plus, semakin rendah probabilitas kekambuhan, metastasis, dan mortalitas. Bila ER dan PR ada (+), prognosisnya paling baik dan terapi endokrin dapat digunakan pascaoperasi atau praoperasi. Jika salah satu positif dan satu negatif, estrogen-positif (ER+) lebih baik daripada progestin-positif (PR+) dan terapi endokrin tetap efektif. Namun, jika keduanya negatif (-) maka mereka tidak diatur secara hormonal dan prognosisnya paling buruk – tidak ada kelemahan dan tidak ada kontrol pada kelompok pelaku ini.
Her-2 dikaitkan dengan tersedianya pilihan terapi yang ditargetkan untuk pasien kanker payudara. Her-2 (-), untuk jaringan kanker payudara yang Her-2 negatif, Her-2 (+), atau 1 plus, untuk kanker payudara dengan ekspresi Her-2 ringan, dan Her-2 (++++), atau 3 plus, untuk jaringan kanker payudara dengan ekspresi HER2 berlebih. Di antara keduanya, Her-2 (++), yaitu 2 tanda plus, disebut ekspresi Her-2 moderat dalam jaringan kanker payudara, yang lebih rumit dan memerlukan pengujian molekuler lebih lanjut. Kanker payudara dengan ekspresi berlebih Her-2 dapat diobati dengan terapi yang ditargetkan.
Ki-67 adalah antigen yang menandai keadaan proliferasi sel dan fungsinya berkaitan erat dengan mitosis.